生物菌肥可代替常規農家有機肥，減少農家肥投入量，減少用戶施肥的工時，節省人工成本。同時，更重要的是，減少化肥用量高達30%左右，大量有益活性微生物可以有效解決連續多年使用農家肥，（特別是未充分腐熟的農家肥）所帶來的土傳病害，重茬病害，對土壤進行生物消毒（減少化學藥劑消毒帶來的對土壤的高污染），并且對消毒后的土壤進行有效的調理、改良和修復。具體功效可概括為以下幾點：
1.活化土壤，改善土壤理化性質，增加土壤團粒結構，消除多年使用化肥所造成的土壤酸化、鹽化、沙化、板結；溫室大棚連續使用，可使老棚變新棚，延長使用年限。而且還可激活土壤養分，提高肥效。
2.強力生根，促進作物生長。抗死棵、死苗、爛根。生物菌肥能促進作物根系快速生長，根長，根白。刺激不定根擴大，大量增生新根，提高根量一倍以上。
3.抑菌抗菌抗重茬，提高作物抗逆性。有益菌施入土壤后迅速繁殖，鏟除因重茬引起的病害，對豆類作物、花生及瓜果類作物因重迎茬而發生的孢囊線蟲病，根腐病，根結線蟲病，枯萎病及各種作物因重茬、缺乏微量元素而產生的根系衰弱、爛根、植株矮小、枯萎，僵弱苗，豆類及花生作物結莢少、空莢率高等現象有明顯的抑制和緩解作用。提高作物抗低溫，抗干旱，抗倒伏，抗病蟲害能力，防止因低溫或缺少微量元素所產生的生理性病害。
4.喧地蓄水保肥，降解藥害殘留。施用生物菌肥可促進土壤團聚體的大量生成，提高土壤有機質、微量元素及有益微生物的含量，消除土壤板結，提高地溫、提高土壤通透性及保肥、保水能力，降解土壤中肥害、藥害的殘留。
5.提高作物品質，培育綠色食品。可降解肥殘、藥殘，增強瓜果著色度、光亮度，減少畸形，降低總酸，提高含糖量和多維生物含量，提高產品品質，能促使土壤中微量元素的釋放，被作物所利用，施用生物菌肥可使農產品中VC、蛋白質含量明顯增加，從而改善糧食品質，是生產綠色無公害有機食品的理想生物肥料。
6.安全性強，無毒、無害、無污染，微生物肥料不會對作物產生毒副作用，生物菌在土壤中的增殖代謝過程中能產生赤霉素及其他活性物質等，可自身調節生理生化過程。微生物肥料本身無毒無殘留，且能分解殘留土壤中的化肥、農藥，凈化環境。
7.生物菌肥具有很好的增產效果，高達20%～60%，能夠很好的活化土壤，增加肥力，通過自身的大量有益微生物的活動，從而來改善土壤的環境，消除因長期施用化肥造成的土壤板結，并且可以刺激根系的生長，使植株生長健壯旺盛莖稈粗壯，葉片肥厚、葉色濃綠。
8.生物菌肥還具有防病、抗病以及防蟲的作用。秋季的溫度對生物菌肥來說很適宜，因此可以在根部形成大量有益菌群，并分泌植物促生物質和抗生素，抑制了病原微生物生長，減少病害發生。并且能夠有效的控制病害的傳播，增強抗病的能力。
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