1.有效期
我國微生物肥料有效菌存活時間超過1年的不多，所以選購的微生物肥料要盡快使用，如果存放時間過長，其菌種的休眠狀態就可能被破壞。
2.溫度
施用菌肥的佳溫度是25～37℃，低于5℃或高于45℃，施用效果較差。高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用生物菌肥。固氮菌肥適土壤含水量為60%～70%。
3.地點
對含硫量高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒施，用噴霧的方法效果較好。
4.菌數
有效活菌數達不到標準的微生物肥料不能購買。國家規定微生物菌劑有效活菌數≥2億個/克（顆粒1億個/克），復合微生物肥料和生物有機肥有效活菌數≥20 00萬個/克。如果達不到這一標準，說明產品質量不達標。
5.施用時期
生物菌肥不是速效肥，因此在作物的營養臨界期和需肥高峰期前7～10天施用，效果佳。
6.混合
應注意，不要將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及稻草灰混合施用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。或者先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合施用。另外，還應防止與未腐熟的農家肥混用。
7.用量
對于已多年施用化肥的田塊，施用生物菌肥時不能大量減少化肥和有機肥的施用量，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能很快適應。因此，其取代量應做到一、第二、第三年分別取代30%、40%和60%，磷、鉀肥只能補足，不能減少。
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