施用未完全腐熟的雞糞：個別菜農認為雞糞越臭效果越好，實際上這是誤解，完全腐熟的雞糞幾乎沒有惡臭味。將未完全腐熟的雞糞施到地里，雞糞經過二次發酵，極易產生氨害。當大棚內空氣中氨氣的濃度達到3毫克/升時，可使辣椒受害；當氨氣的濃度達到35毫克/升時，可發生爛根、燒苗現象。由于雞飼料中的添加劑含激素成分很高，應該通過堆制進行脫激素處理。同時，雞糞尿中帶有蛔蟲卵，需要堆置40天左右將其殺滅。
重施化肥，輕施有機肥：有些菜農每畝用無機肥多達200千克以上，磷酸二銨也在200千克以上。由于過量施用化學肥料，造成土壤板結，鹽分濃度過高，影響辣椒產量。
重施磷肥，輕施有機肥，忽視配方施肥：由于化肥大幅漲價，有些菜民為降低成本，大量選用過磷酸鈣和鈣鎂磷肥，想通過底肥用磷肥、后期追氮肥的辦法提高辣椒產量，這種做法是錯誤的。實際上單用磷肥，作物利用率低，因為氮磷鉀三嚴肅只有按適當的比例配合使用，才能保證辣椒的正常生長。
重施基肥，忽視葉面肥和微量元素肥料的施用：由于大棚辣椒生產一般是多年連作，菜農只重視大量營養元素肥料的投入，而忽視中、微量元素的補充，鈣、硼、硫、鐵、錳、鋅等中、微量元素對提高辣椒產量和品質十分重要。當辣椒缺鐵時，根系不發達，生長點停止生長，葉緣上卷，葉片不伸展；當辣椒缺鎂時，芽生長停止，葉面發黃、發白，葉緣壞死失綠；當辣椒缺鋅時，嫩葉生長不正常，芽呈叢生狀。這些癥狀都可以通過頁面追肥得到緩解。
忽視菌肥的施用：不少人認為菌肥施用量少，不會起到什么作用，很少施用菌肥，這是一種誤解。生產中施用菌肥能夠起到調節土壤結構、消除土壤板結和部分害蟲、改善辣椒品質的作用。因此，大棚辣椒生產建議施用菌肥。
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